Năm học 2008 – 2009, tổ chức đào tạo theo học chế tín chỉ cho năm thứ nhất, khoá tuyển sinh 2008 tại tất cả các trường thành viên và khoa trực thuộc Đại học Huế. Riêng Trường Đại học Ngoại ngữ sẽ đào tạo tín chỉ cho tất cả các ngành và chương trình đào tạo của Trường từ năm học 2008 – 2009. Đại học Huế khuyến khích một số trường, khoa căn cứ vào tình hình chuẩn bị, có thể đăng ký trước tháng 5/2008 (qua Ban Đào tạo Đại học) để bổ sung kế hoạch đào tạo tín chỉ cho sinh viên các năm khác kể từ năm học 2008 – 2009. Năm học 2009 – 2010 áp dụng cho năm 1, 2; năm học 2010 – 2011 áp dụng cho năm 1, 2, 3. Đến năm học 2011 – 2012 áp dụng phương thức đào tạo tín chỉ cho tất cả các ngành đào tạo và cơ sở đào tạo trong toàn Đại học Huế.
Đó là lộ trình thực hiện đào tạo tín chỉ tại Đại học Huế trong Đề án Đào tạo bậc đại học theo học chế tín chỉ đã được Giám đốc Đại học Huế ban hành ngày 26/9/2007.
Đề án cũng đã phân tích tính cấp thiết của việc đào tạo tín chỉ ở Đại học Huế theo yêu cầu của nhà nước và yêu cầu nội tại. Việc đào tạo theo học chế tín chỉ đã được Chính phủ, Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành các văn bản yêu cầu các đơn vị đào tạo khẩn trương tiến hành trong phạm vi toàn quốc. Đến nay, nhiều trường đại học trong nước đã bắt đầu tiến hành đào tạo theo học chế tín chỉ, tạo sức thu hút người học. Về phía Đại học Huế, trước tình hình cạnh tranh của thị trường giáo dục đại học trong và ngoài nước, đào tạo theo học chế tín chỉ là một tiêu chuẩn quan trọng của việc kiểm định chất lượng giáo dục, nâng cao chất lượng đào tạo, tạo cơ hội cho người học thích ứng với sự phát triển kinh tế xã hội và hội nhập quốc tế.
Theo kế hoạch triển khai đào tạo theo học chế tín chỉ, về việc chuyển đổi chương trình đào tạo: Các đơn vị (Bộ môn, Khoa, Trường) quản lý chương trình đào tạo nào tổ chức chuyển đổi chương trình đào tạo đó, từ đơn vị học trình hiện hành qua chương trình đào tạo theo học chế tín chỉ. Việc chuyển đổi chương trình đào tạo ở tất cả các đơn vị và các ngành đào tạo trong Đại học Huế xong trước tháng 12/2007.
Trong quá trình chuyển đổi chương trình, các đơn vị đề xuất danh sách các môn học cần có sự phối hợp giữa nhiều khoa, nhiều trường; danh sách CBGD tham gia xây dựng chương trình chi tiết các môn học này, để có sự điều hành chung toàn Đại học Huế.
Về xây dựng chương trình chi tiết: trên cơ sở chương trình đào tạo đã chuyển đổi, các đơn vị tổ chức biên soạn chương trình chi tiết môn học theo yêu cầu của đào tạo tín chỉ. Các môn học chung, môn học dự kiến sẽ giảng dạy ở năm 1, 2 cần được hoàn tất và phê duyệt chương trình chi tiết trước tháng 5/2008. Các môn học còn lại phê duyệt vào tháng 11/2008. Khi xây dựng chương trình chi tiết của các đơn vị, cán bộ tham gia biên soạn giới thiệu danh mục ít nhất 1 tài liệu giảng dạy, học tập chính và 2 -3 tài liệu tham khảo cho 1 môn học.
Tháng 5/2008, các đơn vị (Khoa, Trường, Bộ môn) công bố kế hoạch đào tạo (môn học, đơn vị quản lý, các tín chỉ sẽ tổ chức đào tạo trong học kỳ I và cả năm học 2008 – 2009). Ban hành văn bản hướng dẫn sinh viên đăng ký học tập.