Khoa Thủy sản thành lập từ tháng 1 năm 2005 trên cơ sở nâng cấp Bộ môn Nuôi trồng thủy sản (NTTS) thuộc Khoa học Vật nuôi. Qua 20 năm đào tạo ngành NTTS và 10 năm phát triển Khoa, đến nay đội ngũ CBGV Khoa đã có 41 người, trong đó hơn 80% có trình độ sau đại học; Nhiều GV được đào tạo bài bản ở các nước phát triển và đang đảm nhiệm những cương vị chủ chốt trong Khoa.
Kể từ năm 2010 đến nay, Khoa đã liên kết với các Công ty sản xuất thức ăn và nuôi trồng thủy sản khắp nơi trong nước để gửi sinh viên đại học, cao đẳng của Khoa đến thực tập và rèn nghề từ 3 – 5 tháng/khóa đào tạo. Qua hoạt động liên kết này, sinh viên có cơ hội tiếp xúc với thực tiễn và tập làm nghề thực sự để nâng cao kỹ năng nghề nghiệp, đáp ứng chuẩn đầu ra theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo, đồng thời bắt kịp yêu cầu và các tiêu chí tuyển dụng nhân lực của các Công ty liên quan trên phạm vi toàn quốc. Do vậy, gần 100% sinh viên đã được các Công ty tuyển dụng và nhận việc làm ngay khi vừa tốt nghiệp ra trường; số lượng sinh viên đăng ký thi tuyển và nhập học ở Khoa hàng năm ngày càng nhiều hơn.